Vartov Kirke er en kirke bygget 1755 i Løngangstræde i København. Kirken er bygget som en del af udvidelsen af det historiske bygningskompleks Vartov fra 1725. Den er den eneste kirke i København uden tårn eller kuppel. De to klokker hænger i en stabel inde i Vartovs gård.